Dezinfekuoti šiltnamio žemę nėra paprasta
Jei augalai šiltnamyje buvo pažeisti ligų ar kenkėjų, žemės viršutinį sluoksnį (5–10 cm) atsargiai nukaskite, suberkite į kibirus ir išneškite ten, kur neauginsite panašių dažovių, arba supilkite į krūvas ir nukenksminkite.
Likusią žemę galima dezinfekuoti karštu vandeniu. Į 1 m2 jo išpilkite apie 10 l. Karštis sunaikina kenkėjus ir ligų sukėlėjus, bet kartu žūsta ir paviršiuje gyvenantys naudingi mikroorganizmai, sliekai. Kitas būdas – žemę sulaistyti 5% Bordo skysčio arba 0,3% vario sulfato tirpalu. Žemę dezinfekuoti fungicidais yra neefektyvu.
Vietoje nukastos senos užpilkite naujos, švarios žemės. 1 m2 reikės kibiro perpuvusio mėšlo, pusantro kibiro komposto (paruošto tik iš sveikų augalų arba iškaitinto) arba dviejų kibirų nerūgščių durpių. Šiuos substratus galima derinti, maišyti. Po to žemė gerai perkasama ir laukiama pavasario.